La DA como órgano dependiente del MINAE,  se define como una dirección que mantiene una estructura funcional, varias de sus funciones están ligadas a las oficinas centrales en el MINAE, tal es el caso de Recursos Humanos, Presupuesto y adquisiciones.

Según el Reglamento de Organización y Funcionamiento la Dirección de Agua del Ministerio de Ambiente y Energía, según disposición de Ministro DM-607-2010 de 7 de mayo de 2010, la Dirección de Agua está conformada por las siguientes dependencias:

– Una Dirección, integrada por su Director y Sub Director: es la instancia superior jerárquica de la Dirección de Agua, con capacidad legal y técnica, responsable de dirigir la organización y personal para el cumplimiento de los objetivos y competencias dispuestas por Ley y reglamentos.
– Un Departamento de Administración del Recurso Hídrico: responsable de realizar las acciones correspondientes a la administración de los cuerpos de agua y cauces a nivel nacional; para su aprovechamiento y manejo sostenible. 
– Un Departamento de Desarrollo Hídrico: responsable de gestionar y dar seguimiento en materia de investigación, planificación e instrumentos de gestión hídrica de sustento para el cumplimiento de los objetivos de la Dirección y las disposiciones de Ley, y someter a aprobación del Director.
– Un Departamento de Información: responsable de la gestión de información, administración de la documentación y atención integral de usuario, con el fin de garantizar un trámite y una disponibilidad de la información eficiente y oportuna, tanto a lo interno como externo de la Dirección.
– Un Departamento Administrativo – Financiero: responsable de la gestión administrativa y financiera de apoyo y soporte de la Dirección de Agua, para garantizar la disponibilidad de recurso humano, financiero y administrativo idóneo y de forma oportuna, para el cumplimiento de los objetivos y competencias dispuestas por Ley.
– Una Asesoría Legal: responsable de asesoría jurídica a la Dirección de Agua, para garantizar una gestión integrada del recurso hídrico en apego de la legislación y jurisprudencia, que permita el cumplimiento de los objetivos y competencias dispuestas por Ley.
– Oficinas Regionales por Unidad Hidrológica: Las oficinas regionales por unidad hidrológica tendrán como fin la gestión regional dentro de la delimitación dispuesta, de los asuntos propios de la Dirección.

[1] De conformidad con el Decreto 35669-MINAE, con reformas, y la regionalización realizada en Unidades Hidrológicas y Oficinas Regionales a partir del 2016 al amparo del Reglamento de Organización y Funcionamiento de la Dirección de Agua, este Departamento dejo de funcionar y las funciones fueron asumidas por las Oficinas Regionales.