El siglo XX trajo cambios tremendos para la humanidad. Se habían experimentado dos guerras mundiales. Costa Rica contaba con una población aumentante y con un séquito de pensadores importantes en los campos social, manejo del estado, la ciencia y los recursos naturales. En todo esto, estaba relacionado directa e indirectamente, el agua, por ser líquido vital e insumo en la producción. Así que después de 58 años de vigencia de la primera Ley de Aguas (1884), el clima estaba listo para la emisión de una segunda Ley de Aguas.

Esto finalmente llegó el 27 de agosto de 1942 con la emisión de la Ley de Aguas No. 276. Esta Ley le otorgó la rectoría de las aguas del dominio público al entonces existente Servicio Nacional de Electricidad (SNE) y ordenó la creación de una unidad que realizará esta labor: el Departamento de Aguas.

Desde su creación en 1942 hasta 1996 el Departamento de Aguas fue una dependencia del SNE. Con la emisión de la Ley de la Autoridad Reguladora de los Servicios Públicos (ARESEP), se ordenó que Departamento de Aguas fuera trasladado al Ministerio del Ambiente y Energía (MINAE), pero indicó que para efectos logísticos de tal traslado se mantuviera por un año, hasta octubre de 1997 en la ARESEP.

El traslado al MINAE significa un hito. Con las convenciones internacionales de Río y el consiguiente entusiasmo por el Derecho Ambiental y los temas relacionados con la conservación y manejo de los recursos naturales, no fue casual el aglutinar en una sola institución todo lo relacionado con los mencionados recursos, a fin de ser tratados en toda su integridad.